Економічний відділ засновано в 1994 році з метою ефективного та цільового використання бюджетних коштів, що спрямовуються за цільовим призначенням для розвитку науково-дослідної роботи та клінічної бази інституту.

З листопада 1994 до червня 2024 економічний відділ очолювала Матушкіна Віра Петрівна.

Основні напрямки діяльності:

• підготовка та виконання перспективних проєктів інституту з планово-фінансової роботи;
• організація, планування та аналіз фінансового стану інституту згідно з чинним законодавством, економічною доцільністю, формуванням найоптимальнішого розподілу фінансових ресурсів за цільовим призначенням;
• складання щорічних кошторисів доходів і видатків інституту (розробка зведеного кошторису видатків, фінансових планів за розділами «Клініка» та «Наука»);
• підготовка штатних розписів і тарифікаційних списків відповідно до затвердженої структури інституту, схем посадових окладів, фонду заробітної плати для затвердження в Національній академії медичних наук України;
• формування пакета документів з надання платних медичних послуг;
• укладання договорів на виконання науково-дослідних робіт за паспортами бюджетних програм та науково-технічних робіт;
• складання договорів оренди та договорів про відшкодування витрат за надання комунальних послуг орендарям, розрахунків до них тощо;
• виконання звітів з використання коштів на науково-дослідні тематики інституту й клінічну діяльність, робочого часу, фонду на оплату праці та інших планових показників відповідно до функцій планово-фінансової служби.