Аптека, яка була заснована у 1955 році за ініціативою директора інституту проф. М.П. Новаченка, є структурним підрозділом інституту.

З моменту відкриття інституту колектив аптеки складався з двох співробітників, які займалися забезпечуванням всіх структурних підрозділів медичного закладу лікарськими засобами та предметами медичного призначення.

З 1961 року співробітники аптеки розпочали виготовлення інфузійних розчинів для лікування пацієнтів клініки.

В теперішній час штат аптеки складається:

Рєпка Алла Володимирівна — завідувачка аптеки.
Свою трудову діяльність розпочала в 1987 році. У 2005 році закінчила Харківський фармацевтичний інститут, стаж роботи на посаді завідувачки 15 років.

Капустіна Валентина Борисівна — провізор-аналітик.
Працювала в аптеці на посаді фармацевта з 1982 року, потім продовжила навчання у Харківському фармацевтичному інституті, після закінчення якого отримала посаду провізор-аналітик, на якій самовіддано працює по теперішній час.

Зазначені фахівці мають професійні категорії.

Прохоренко Лілія Михайлівна — молодша медсестра.
В аптеці працює понад 30 років.

На балансі аптеки великий перелік медичного товару, по якому здійснюється суцільний облік:
вхідний контроль якості та терміну придатності, наявності сертифіката якості та інформації про реєстрацію лікарського засобу.

Щодня проводиться перевірка руху лікарських засобів та товарів медичного призначення на всіх рівнях оборотності: постачальник–аптека–відділення ЛПЗ.

Співробітники аптеки щомісячно звітують про обсяги виконаної роботи підрозділу.