Аптека, яка була заснована у 1955 році за ініціативою директора інституту проф. М. П. Новаченка , є структурним підрозділом інституту.

Спочатку колектив аптеки складався з двох співробітників, які займалися придбанням медикаментів та забезпечували ними клінічні підрозділи інституту.

Із 1961 року в аптеці почали готувати ін’єкційні розчини.

Нині в аптеці працює 5 співробітників з доволі солідним стажем роботи. Так, Тарасенко Лариса Іванівна свою трудову діяльність розпочала в 1960 році з найпростіших обов’язків аптечного працівника і після закінчення Харківського фармацевтичного інституту вона стала з 1973 року завідувачем.

Капустіна Валентина Борисівна працювала в аптеці на посаді фармацевта з 1982 року, потім продовжила навчання у Харківському фармацевтичному інституті, сьогодні вона професійний провізор-аналітик.

Радько Надія Василівна почала свою трудову діяльність після закінчення Харківського хіміко-фармацевтичного технікуму, стаж її роботи складає 28 років.

Усі зазначені фахівці мають вищу категорію.

Провізор Листопад Вікторія Валеріївна — молодий спеціаліст, її стаж роботи — 5 років.

На балансі аптеки від 250 до 300 найменувань, по яких здійснюється суцільний предметно-кількісний облік, вхідний контроль якості лікарських засобів і терміну придатності, наявності сертифікатів якості та інформації про реєстрацію лікарського засобу.

Регулярно проводиться перевірка руху лікарських засобів та предметів медичного призначення на всіх рівнях оборотності: постачальник–аптека–відділення ЛПЗ. Аптека щомісячно звітує щодо придбаних і відпущених медикаментів для відділень ЛПЗ.